生石灰对提高水体pH值、改良水质、促进藻类繁殖起到定作用，水产养殖过程中经常使用生石灰杀菌消毒，调节pH值，但正常用量小，起不到杀毒抑菌作用。如用量不当或使用方法不正确反而有害。
生石灰是碱性药物
① 不能与二氧化氯、强氯精等含氯制剂混用，含氯制剂在水中分解呈酸性，与碱性相中和导致药降低。
② 不能与敌百虫、硫酸铜、有机络合物药物同用，易产生拮抗作用。与敌百虫混用易生成毒性较大的敌敌畏，造成鱼类中毒；与硫酸铜混用易造成铜元素流失减少杀虫药；与络合物有机物混用易生成络合沉淀物。
③ 与氮肥混用水中易生成过量氨，使鱼类易中毒；与磷肥混用易生成磷酸钙沉淀，造成磷肥损失。
④ 盐碱地等pH过高的地区慎用生石灰。
以上药物及肥料的使用应在生石灰作用消失后，至少10天左右。
以下两种情况禁用生石灰：
1、藻类丰富，pH值较高的水体，用后常引起碱中毒或藻类大量死亡，造成水质恶化，虾蟹死亡等。
2、水臭时禁用，水臭常有大量的氨氮物质，生石灰使用后pH值迅速升高，会造成分子氮的迅速升高，毒性是原来的数百倍，引起氨中毒。
泼洒的时间可选在晴天下午3时以后，避免在晴天上午（水温不稳定）及中午（水温高）时段泼洒，及避免在阴天、天气剧烈变化时泼洒，以免引起水质突变导致鱼虾应激反应，造成不必要的损失。
